La medicina científica europea tuvo su origen en la Grecia clásica de los siglos VI y V a.C., gracias a la aparición del pensamiento racional.

Las primeras interpretaciones racionales de la Naturaleza las formularon los pensadores conocidos con el nombre de presocráticos. Los escritos más antiguos son unos fragmentos de Alcmeón de Crotona. Sin embargo, la gran fuente que nos permite conocer los comienzos de la medicina científica europea es la llamada Colección Hipocrática atribuida a Hipócrates de Cos.

Aunque los médicos hipocráticos eran religiosos, cuidaron expresamente de separar las interpretaciones racionales de la enfermedad de las creencias religiosas.

El diagnóstico y el tratamiento quirúrgicos son uno de los aspectos más brillantes de la Colección Hipocrática.

En el s. III a.C.,este tipo de medicina se extendió, como el resto de la cultura allí nacida, a Alejandría, ciudad que habia sido fundada por Alejandro Magno en el año 322 a.C.,y que acabó convirtiéndose en el centro cultural, científico y médico más importante del mundo antiguo, con su Museion.

La anatomía experimento un importante progreso gracias a las investigaciones de Herófilo y Erasístrato en animales y cadáveres humanos.

En el paso de los siglos III a II a.C., autores como Serapión y Glaucias fundaron la llamada escuela empírica, que pretendía que la medicina se basara exclusivamente en la observación de los enfermos y la tradición de las observaciones reunidas por los médicos anteriores.